光绪三十四年十月二十二日，慈禧太后死于北京西苑的仪鸾殿。李莲英办理完慈禧太后的丧事，于宣统元年的二月初二，离开生活了51年的皇宫。内宫主政的隆裕太后，准其“原品休致”，就是带原薪退休。

李莲英死于宣统三年，时年64岁。他死时，得到了清朝宫廷的1000两白银，在北京恩济庄的太监墓地修造了一座豪华坟墓。不过在30年前被破坏了，只有墓志铭的拓片还保留了下来。

光绪十二年四月十三日，醇亲王奕譞抵达天津，会同李鸿章一起乘军舰出海，先后检阅了大沽、旅顺口、威海卫、烟台等处，五月初一回到北京复命交差。